Hoy os publico una viñeta que me ha hecho gracia y se adapta muy bien a la bioinformática... desgraciadamente se cumple totalmente, sobretodo lo del conserje...
El original aquí: http://sinergiasincontrol.blogspot.com/2008/10/33-suposiciones.html
25 de noviembre de 2015
Si los médicos tuvieran que trabajar de bioinformáticos...
Hoy os publico una viñeta que me ha hecho gracia y se adapta muy bien a la bioinformática... desgraciadamente se cumple totalmente, sobretodo lo del conserje...
El original aquí: http://sinergiasincontrol.blogspot.com/2008/10/33-suposiciones.html
3 de noviembre de 2015
Anotando datos del NCBI de forma automática con un script de Perl
Esta semana me di cuenta que un antiguo script de Perl que leía datos bibliográficos de Pubmed automáticamente había dejado de funcionar.La explicación es que el NCBI ha dejado de dar soporte a su servicio web con el protocolo SOAP desde el 1 de julio de 2015. No soy un experto informático, pero hace unos años ese protocolo estaba de moda y ahora parece que ya no (imagino que por razones de seguridad).
He aquí el código OBSOLETO que da el error:
use SOAP::Lite;
my $pubmed_id = '24234003';
my $WSDL = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/efetch_pubmed.wsdl';
my $soap = SOAP::Lite->service($WSDL)
->on_fault( sub { my($self, $res) = @_;
die
"faultcode:", ref $res ? $res->faultcode : $self->transport->status, "\n" ,
"faultstring:", ref $res ? $res->faultstring : $self->transport->status, "\n";
});
my $response = $soap->run_eFetch( SOAP::Data->name(id => $pubmed_id),
SOAP::Data->name(db => "pubmed")
);
my %results;
if (ref($response) eq "HASH") {
$results{'title'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'ArticleTitle'};
$results{'journal'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'Journal'}{'Title'};
$results{'pubmed'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'PMID'};
$results{'volume'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'Journal'}{'JournalIssue'}{'Volume'};
$results{'issue'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'Journal'}{'JournalIssue'}{'Issue'};
$results{'year'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'Journal'}{'JournalIssue'}{'PubDate'}{'Year'};
$results{'pages'} = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'Pagination'}{'MedlinePgn'};
$results{'url'} = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/'.$results{'pubmed'};
if (ref($response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'AuthorList'}{'Author'}) eq "ARRAY") {
my @authors;
foreach my $author (@{$response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'AuthorList'}{'Author'}}){
my $initials = join('.',split('',$author->{'Initials'}));
push(@authors, $author->{'LastName'}." ".$initials);
}
$results{'authors'} = join(", ",@authors);
} elsif (ref($response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'AuthorList'}{'Author'}) eq "HASH") {
my $author = $response->{'PubmedArticle'}{'MedlineCitation'}{'Article'}{'AuthorList'}{'Author'};
my $initials = join('.',split('',$author->{'Initials'}));
$results{'authors'} = $author->{'LastName'}." ".$initials;
}
foreach my $key (keys %{$results}){
if (!defined($results{$key})) {
$results{$key} = '';
}
}
}
print %results;
Ahora las consultas automáticas al NCBI se han de realizar insertando nuestra consulta en una URL e indicando el formato deseado de respuesta. Por ejemplo, la consulta equivalente al código SOAP anterior se puede realizar con la siguiente URL:
O si preferimos el resultado en XML:
De esta forma, el código anterior queda reescrito de la siguiente forma:
Para otro tipo de consultas automáticas (secuencias, artículos científicos...) recomiendo leer la documentación oficial del NCBI, donde se explica la utilidad de las diferentes Entrez Programming Utilities (E-utilities): ESearch, EFetch, ESummary, EPost y ELink.
Seguro que alguno de vosotros está pensando porqué no usar BioPerl o BioPython para estas consultas. La respuesta es porque quería explicar el fin de la era SOAP y la estructura de las nuevas consultas vía URL.
Aquí el código en BioPerl:
Y el código en BioPython:
use LWP::Simple;
my $pubmed_id = '24234003';
my $eutils_url = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';
my $eutil = 'efetch';
my $db = 'pubmed';
my $type = 'docsum';
my $mode = 'text';
my $url = sprintf('%s%s.fcgi?db=%s&id=%s&rettype=%s&retmode=%s', $eutils_url, $eutil, $db, $pubmed_id, $type, $mode);
my $data = get($url);
my %results;
if (defined($data)){
$data =~ s/\012\015?|\015\012?/ /g;
if ($data =~ /\d+\:\s*(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\s.+?\;(\d+)\((\d+)\)\:([\d\-]+)./){
@{$results{'authors'}} = split(/,\s?/,$1);
$results{'title'} = $2;
$results{'journal'} = $3;
$results{'year'} = $4;
$results{'volume'} = $5;
$results{'issue'} = $6;
$results{'pages'} = $7;
$results{'pubmed'} = $pubmed_id;
$results{'url'} = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/'.$pubmed_id;
} elsif ($data =~ /\d+\:\s*(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\s/){
@{$results{'authors'}} = split(/,\s?/,$1);
$results{'title'} = $2;
$results{'journal'} = $3;
$results{'year'} = $4;
$results{'pubmed'} = $pubmed_id;
$results{'url'} = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/'.$pubmed_id;
}
}
while (my ($key, $value) = each %results) {
if (ref($value) ne ARRAY){
printf("%s: %s\n", $key, $value);
} else {
printf("%s: %s\n", $key, join(', ',@$value));
}
}
Para otro tipo de consultas automáticas (secuencias, artículos científicos...) recomiendo leer la documentación oficial del NCBI, donde se explica la utilidad de las diferentes Entrez Programming Utilities (E-utilities): ESearch, EFetch, ESummary, EPost y ELink.
Seguro que alguno de vosotros está pensando porqué no usar BioPerl o BioPython para estas consultas. La respuesta es porque quería explicar el fin de la era SOAP y la estructura de las nuevas consultas vía URL.
Aquí el código en BioPerl:
use Bio::DB::EUtilities;
my $pubmed_id = '24234003';
my $eutil = 'efetch';
my $db = 'pubmed';
my $type = 'docsum';
my $mode = 'text';
my $email = 'mymail@foo.bar';
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new( -eutil => $eutil,
-db => $db,
-id => $pubmed_id,
-email => $email,
-rettype => $type,
-retmode => $mode
);
my $data = $factory->get_Response->content;
my %results;
if (defined($data)){
$data =~ s/\012\015?|\015\012?/ /g;
if ($data =~ /\d+\:\s*(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\s.+?\;(\d+)\((\d+)\)\:([\d\-]+)./){
@{$results{'authors'}} = split(/,\s?/,$1);
$results{'title'} = $2;
$results{'journal'} = $3;
$results{'year'} = $4;
$results{'volume'} = $5;
$results{'issue'} = $6;
$results{'pages'} = $7;
$results{'pubmed'} = $pubmed_id;
$results{'url'} = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/'.$pubmed_id;
} elsif ($data =~ /\d+\:\s*(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\.(.+?)\s/){
@{$results{'authors'}} = split(/,\s?/,$1);
$results{'title'} = $2;
$results{'journal'} = $3;
$results{'year'} = $4;
$results{'pubmed'} = $pubmed_id;
$results{'url'} = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/'.$pubmed_id;
}
}
while (my ($key, $value) = each %results) {
if (ref($value) ne ARRAY){
printf("%s: %s\n", $key, $value);
} else {
printf("%s: %s\n", $key, join(', ',@$value));
}
}
Y el código en BioPython:
from Bio import Entrez
pubmed_id = '24234003';
handle = Entrez.efetch(db='pubmed', id=pubmed_id, rettype='docsum', retmode="xml", email='mymail@foo.bar')
results = Entrez.read(handle)
for key, value in results[0].iteritems():
print "%s: %s" % (key,value)
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